非标(Label-free)蛋白质组定量技术是一种不依赖于同位素标记的新型蛋白质定量技术,该技术通过液质联用对蛋白质酶解肽段进行分析,无需昂贵的稳定同位素标签做内部标准,只需分析大规模鉴定蛋白质时所产生的质谱数据,比较不同样本中相应肽段的信号强度,就能对相应的蛋白质进行相对定量。
首先将蛋白样本酶解成肽段混合物,然后使用液相色谱对酶解后的肽段混合物进行组分分离以降低样本复杂程度,然后通过高质量的磷酸化修饰类抗体和生物材料对修饰肽段进行富集,最后上样至液相色谱-串联质谱中进行分析定量。
首先将蛋白样本酶解成肽段混合物,然后使用液相色谱对酶解后的肽段混合物进行组分分离以降低样本复杂程度,然后通过高质量的泛素化修饰类抗体和生物材料对修饰肽段进行富集,最后上样至液相色谱-串联质谱中进行分析定量。
SILAC的基本原理是分别用天然同位素(轻型)或稳定同位素(重型)标记的必需氨基酸取代细胞培养基中相应氨基酸,细胞经>6个倍增周期后,稳定同位素标记的氨基酸完全掺入到细胞新合成的蛋白质中取代了原有氨基酸。不同标记细胞的裂解蛋白按细胞数或蛋白量等比例混合,经分离、纯化后进行质谱鉴定。
由于翻译后修饰的蛋白质在生物样本中含量低、动态范围广,质谱分析前需要对修饰进行富集以提高其丰度。景杰生物通过结合蛋白质修饰类抗体、高灵敏度的生物质谱和修饰类泛抗体富集技术,可对生物样本中的各类修饰进行高通量的鉴定。
PRM(平行反应监测,Parallel Reaction Monitoring)目前靶向蛋白质组学数据采集的主流方法,通过对特异性肽段或目标肽段(如发生翻译后修饰的肽段)进行选择性检测,从而实现对目标蛋白质/修饰肽段的靶向相对或绝对定量。
首先将蛋白样本酶解成肽段混合物,然后使用液相色谱对酶解后的肽段混合物进行组分分离以降低样本复杂程度,然后通过高质量的酰化修饰类抗体和生物材料对修饰肽段进行富集,最后上样至液相色谱-串联质谱中进行分析定量。
(LC-MS)的方法,使用Thermo Scientific的U3000快速液相色谱对样品进行分离,Thermo Scientific™ Q Exactive™对样品进行鉴定,可高效、精准的检测氨基酸及其衍生物
Thermo Scientific™公司的TMT (Tandem Mass Tag) 标记定量技术和AB SCIEXTM公司的iTRAQ技术都属于二级报告离子定量技术,具有相似的原理(图
一种新的质谱数据采集模式:数据非依赖型采集模式(Data-Independent Acquisition, DIA)逐渐崭露头角。相较于DDA数据采集模式在一级质谱中在每个时间窗口采集强较高的有限肽段离子(通常是TOP20)进入二级质谱进行碎裂分析;DIA数据采集模式在一级质谱检测时,根据质荷比大小
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