涉及NAMD、Gromacs、Amber、CHARMm等主流MD模拟程序以及自行开发的模拟程序。 同源模建与从头预测 掌握蛋白质同源模建及球蛋白和跨膜蛋白的从头预测技术,在同源性高于30%时
模拟 掌握MD模拟技术,可进行蛋白、蛋白-小分子、蛋白-DNA/RNA、DNA/RNA及蛋白-生物膜等多种生物学体系的分子动力学模拟研究。所用软件涉及NAMD、Gromacs、Amber、CHARMm等
、charmm19力场,可模拟多种Poisson-Boltzmann (PB)和Generalized Born (GB)类型的隐形溶剂模型。支持并行计算。在DS4.0版本中又引入了NAMD模拟引擎,使得
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