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代谢组+转录组联合分析
转录和代谢联合分析可以同时实现从“因”和“果”两个方向来探究生物学问题,相互间进行验证,从海量的数据中筛选出关键基因、代谢物及代谢通路开展后续深入研究与应用,从而提高文章的水平。
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ATF1/Cyclic AMP-dependent transcription factor ATF-1
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ATF2基因慢病毒干扰-科维创
基因官方名称基因种属refseq号ATF2humanNM_001256090.1 过表达/干扰病毒载体种类所带的荧光基团干扰慢病毒
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Transcription Factors and Regulators qpcr array
AKT1, ATF1, ATF2, CBL, CREB1, EGR1, EIF4E, ELK1, FOS, FOXO3, IKBKB, JUN,MKNK1, NFATC3, NFKB1, NUP62
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转录因子PCR芯片Transcription Factors PCR Array
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EGF/PDGF信号通路PCR芯片EGF/PDGF Signaling PCR Array
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ChIP-Seq
机制。网络图如下:ChIP-Seq案例 1. 心脏成纤维细胞中激活后转录因子ATF3通过抑制MAP2K3-p38信号保护免受心力衰竭。 circulation. IF=17.049 研究者
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CHIP-seq
关系,信号转导网络通过图论分析方法可以得到网络的核心调节基因,反映样本在全局层面的基因调节机制。网络图如下:ChIP-Seq案例 1. 心脏成纤维细胞中激活后转录因子ATF3通过抑制
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Metabolism (Regulation & Mechanism)qpcr array
ABL1, ARG2, ARRB1, ATF4, CDKN1A, CIDEA, DDIT3, DYNLL1, EREG, GAL, GUCY1A3, HSP90AA1,IL10
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Other Regulators of Protein Folding qpcr array
ADCK3 (CABC1), ATF6, BAG1, BAG2, BAG3, BAG4, BAG5, CCS, CCT2, CCT3, CCT4, CCT5, CCT6A
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