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整合多类型RNA表达谱数据研究某疾病 ceRNA 调控机制分析
利用R3.4.1中limma包Version3.32.5(对数据进行log2对数化,使基因表达数据由偏态分布转化为近似正态分布,然后用中位数标准化方法对数据进行归一化处理;对下载得到的原始CEL格式
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人直肠癌组织源细胞
盆腔,解剖关系复杂,手术不易彻底,术后复发率高。中下段直肠癌与肛管括约肌接近,手术时很难保留肛门及其功能是手术的一个难题,也是手术方法上争论最多的一种疾病。我国直肠癌发病年龄中位数在45岁左右。青年人
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描述统计
平均数、中位数、众数、几何平均数、调和平均数。与变异量数,如全距、平均差、标准差、相对差、四分差。 为了表示测量数据与正态分布偏离的情况,会使用畸变、峰度这两种统计数据;为了解个别
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基于机器学习算法的多组学疾病诊断/肿瘤预后预测模型
Risk score,并以中位数为标准划分高风险组和低风险组,做K-M生存分析,检查是否有统计上的差异性。此外,我们用这一Risk score为标准预测测试集中病人的1/3/5年生存率,用ROC曲线和
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染色质免疫共沉淀技术测序(chip-seq 组蛋白 转录因子
序列比对; 2) Peak calling :统计样品 Peak 信息(峰检测及计数、平均峰长度、峰长中位数); 3) 统计样品 Uniquely mapped reads 在基因上、基因间区
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ChIP-seq
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CHIP测序
reads在基因上、基因间区的分布情况及覆盖深度 4. Peak calling:统计样品Peak信息(峰检测及计数、平均峰长度、峰长中位数) 5. Peak全基因组定位 6. 靶基因功能注释
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CHIP测序
calling :统计样品 Peak 信息(峰检测及计数、平均峰长度、峰长中位数); c)统计样品 Uniquely mapped reads 在基因上、基因间区的分布情况及覆盖深度; d
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CUT&Tag-Seq
)Peak calling :统计样品 Peak 信息(峰检测及计数、平均峰长度、峰长中位数);c)统计样品 Uniquely mapped reads 在基因上、基因间区的分布情况及覆盖深度;d
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