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既适用于蛋白混合物的SDS-PAGE分离后经胶内酶解(in-gel digestion)的质谱分析,也适用蛋白混合物溶液内直接酶解(in-solution digestion)的质谱分析。
4D-LFQ蛋白质组学则是在3D分离的基础之上增加了第四维度,离子淌度(mobility)的分离。4D蛋白质组学依托于timsTOF Pro质谱仪,采用PASEF(Parallel Accumulation Serial Fragmentation,同步累积连续碎裂)技术,扫描速度高达100Hz并对
非标(Label-free)蛋白质组定量技术是一种不依赖于同位素标记的新型蛋白质定量技术,该技术通过液质联用对蛋白质酶解肽段进行分析,无需昂贵的稳定同位素标签做内部标准,只需分析大规模鉴定蛋白质时所产生的质谱数据,比较不同样本中相应肽段的信号强度,就能对相应的蛋白质进行相对定量。
一种新的质谱数据采集模式:数据非依赖型采集模式(Data-Independent Acquisition, DIA)逐渐崭露头角。相较于DDA数据采集模式在一级质谱中在每个时间窗口采集强较高的有限肽段离子(通常是TOP20)进入二级质谱进行碎裂分析;DIA数据采集模式在一级质谱检测时,根据质荷比大小
iTRAQ/TMT试剂由三部分组成:报告基团、平衡基团和反应基团。反应基团形成2-10种等质量同位素标签。
SILAC的基本原理是分别用天然同位素(轻型)或稳定同位素(重型)标记的必需氨基酸取代细胞培养基中相应氨基酸,细胞经>6个倍增周期后,稳定同位素标记的氨基酸完全掺入到细胞新合成的蛋白质中取代了原有氨基酸。不同标记细胞的裂解蛋白按细胞数或蛋白量等比例混合,经分离、纯化后进行质谱鉴定。
PRM(平行反应监测,Parallel Reaction Monitoring)目前靶向蛋白质组学数据采集的主流方法,通过对特异性肽段或目标肽段(如发生翻译后修饰的肽段)进行选择性检测,从而实现对目标蛋白质/修饰肽段的靶向相对或绝对定量。
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